Sequencher?DNA序列分析軟件是科學(xué)家們*的工具。持續(xù)發(fā)展和改進(jìn)**過25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上萬的出版物都有相關(guān)的應(yīng)用介紹。新手用戶可以以較少的時間投資產(chǎn)生結(jié)果，而有經(jīng)驗的用戶會驚嘆于功能的深度和控制。Sequencher自帶各種專有算法，可以為Sanger,?Next-Gen?Sequencing?(NGS)和RNA-Seq序列數(shù)據(jù)生成結(jié)果。
多序列比對
Clustal
從4.9版本開始，Clustal已經(jīng)成為Sequencher一系列插件的一部分。它是一種被廣泛使用的多序列比對程序，它通過確定一組序列中的所有成對排列來進(jìn)行工作，構(gòu)造一個樹狀圖以近似相似的方式對序列進(jìn)行分組，然后使用dendogram作為向?qū)韴?zhí)行該序列。您可以使用Clustal來直接從Sequencher項目窗口中排列您的序列。從一系列參數(shù)中選擇控制對齊過程。
一旦完成對齊，您可以看到Sequencher中一個或多個重疊的結(jié)果，您還可以進(jìn)行多種分析。
通過將Clustal與Sequencher的功能結(jié)合起來，將不同來源的多個序列排列在一起，加速您的集群的排列。最后以不同的格式導(dǎo)出文件，如MSF、Phylip、NEXUS和FastA，在其他程序中使用或者簡單地創(chuàng)建一致性并導(dǎo)出。

Sequencher?DNA序列分析軟件是科學(xué)家們*的工具。持續(xù)發(fā)展和改進(jìn)**過25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上萬的出版物都有相關(guān)的應(yīng)用介紹。新手用戶可以以較少的時間投資產(chǎn)生結(jié)果，而有經(jīng)驗的用戶會驚嘆于功能的深度和控制。Sequencher自帶各種專有算法，可以為Sanger,?Next-Gen?Sequencing?(NGS)和RNA-Seq序列數(shù)據(jù)生成結(jié)果。
Sanger序列
Sequencher使傳統(tǒng)的序列裝配變得容易，同時又能讓您保持對序列的控制。精簡數(shù)據(jù)質(zhì)量差的序列。您甚至可以創(chuàng)建一個整潔的標(biāo)準(zhǔn)庫，讓一切變得更簡單。通過直觀的控制，您可以為數(shù)據(jù)選擇較佳算法，包括匯編到參考中。如果您正在處理來自不同來源的多個示例，可以通過名稱來對它們進(jìn)行自動裝配。使用工具編輯數(shù)據(jù)從來沒有如此簡單過，幫助您定位和處理模棱兩可的問題，還可以檢查雜合子并移動您的數(shù)據(jù)。使用信任值幫助修整數(shù)據(jù)、質(zhì)量檢查和SNP檢測，以提高數(shù)據(jù)結(jié)果的質(zhì)量。


序列編輯
Sequencher提供一個DNA序列編輯工具，您需要確保這個序列是**正確的。您可以在一個序列中查看一次您的色譜數(shù)據(jù)或在正向和反向方向查看多個對齊的色譜圖。


它可以快速、方便地滾動對齊的數(shù)據(jù)，或者可以使用Sequencher的選擇工具來**區(qū)域的差異或低質(zhì)量。
Sequencher?DNA序列分析軟件是科學(xué)家們*的工具。持續(xù)發(fā)展和改進(jìn)**過25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上萬的出版物都有相關(guān)的應(yīng)用介紹。新手用戶可以以較少的時間投資產(chǎn)生結(jié)果，而有經(jīng)驗的用戶會驚嘆于功能的深度和控制。Sequencher自帶各種專有算法，可以為Sanger,?Next-Gen?Sequencing?(NGS)和RNA-Seq序列數(shù)據(jù)生成結(jié)果。
甲基化研究
幾十年來，DNA甲基化被認(rèn)為在基因表達(dá)中起著重要的作用。當(dāng)用亞硫酸氫鹽處理DNA時，除非胞嘧啶甲基化，任何胞嘧啶都被轉(zhuǎn)換成尿嘧啶。GSNAP將從亞硫酸氫鹽處理的DNA測序獲得的下一代測序讀數(shù)校準(zhǔn)為參考序列，以不掩蓋真正錯配的方式排列它們，但當(dāng)用亞硫酸氫鹽處理未甲基化DNA時仍然暴露發(fā)生的C到T失配。


RNA耐受性比對
GSNAP已經(jīng)更新，現(xiàn)在包含A-G容錯對齊模式。使用這種模式的情況下，您的mRNA可能已被ADAR基因編輯，使腺苷轉(zhuǎn)化為肌苷。當(dāng)測序時，I被視為G。該版本還引入了用于新的RNA耐受模式和甲基化分析的滯留和非滯留模式。當(dāng)您的實驗室協(xié)議允許5’到3’基因組讀取和它們在每個鏈上的反向互補(bǔ)時，使用非擱淺模式。


查看器
Tablet是下一代序列比對的高性能查看器。以許多不同的模式查看和審查您的Maq,?GSNAP,
BWA-MEN或Velvet結(jié)果，用不同的顏色和閱讀方向**顯示。獲取個別讀數(shù)和讀取成對的信息，以及排列讀取的堆疊以顯示配對。Tablet可以控制轉(zhuǎn)換、縮放以及**變異基，以便讓您的閱讀變得容易。

Sequencher?DNA序列分析軟件是科學(xué)家們*的工具。持續(xù)發(fā)展和改進(jìn)**過25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上萬的出版物都有相關(guān)的應(yīng)用介紹。新手用戶可以以較少的時間投資產(chǎn)生結(jié)果，而有經(jīng)驗的用戶會驚嘆于功能的深度和控制。Sequencher自帶各種專有算法，可以為Sanger,?Next-Gen?Sequencing?(NGS)和RNA-Seq序列數(shù)據(jù)生成結(jié)果。
SNP檢測
Sequencher有幾個強(qiáng)大的工具來幫助你檢測DNA序列中的突變和單核苷酸多態(tài)性。您可以使用Sequencher來對一組序列之間的比較序列比對或?qū)?個或多個序列與參考序列進(jìn)行比較。Sequencher的Call?Secondary?Peaks...功能分析您所有的潛在雜合子序列?？刂齐s合子的嚴(yán)格性是很容易的。


您可以從一個雜合子導(dǎo)航到下一個，只需單擊Basic視圖中的空格鍵即可。查看蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)換對于共識和參考序列低于共識。參考序列確保SNP的編號從一個DNA組件到下一個DNA組件是一致的。

Sequencher?DNA序列分析軟件是科學(xué)家們*的工具。持續(xù)發(fā)展和改進(jìn)**過25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上萬的出版物都有相關(guān)的應(yīng)用介紹。新手用戶可以以較少的時間投資產(chǎn)生結(jié)果，而有經(jīng)驗的用戶會驚嘆于功能的深度和控制。Sequencher自帶各種專有算法，可以為Sanger,?Next-Gen?Sequencing?(NGS)和RNA-Seq序列數(shù)據(jù)生成結(jié)果。
Sequencher?5.4.6新功能
為DNA序列分析提供了全新的和增強(qiáng)的功能。
Sanger
??Sequencher?Connections中運行的?Primer-BLAST發(fā)送引物序列到您的Sequencher項目中。
??在項目窗口中輕松使用一致性序列，作為NGS測序比對混合的參考序列。
??新批量處理恢復(fù)結(jié)束命令。
??在項目窗口中調(diào)整字體大小的功能。
NGS
??GSNAP和BWA-MEM工作流更快。
?構(gòu)建GSNAP數(shù)據(jù)庫和BWA索引，這些索引可以被重新用于與整個基因組的對齊。
?查看并保存用FastQC報告的NGS原始數(shù)據(jù)文件的質(zhì)量分?jǐn)?shù)和元數(shù)據(jù)。
?使用SAMtools在您的NGS校準(zhǔn)中標(biāo)記變量來生成不同的調(diào)用文件(VCF)。
RNA-Seq
??隨著Cuffquant和Cuffnorm的添加，擴(kuò)展了Cufflinks套件的功能。
??Cuffdiff和?Cuffnorm*一**的Conditions?and?Replicates編輯器。
??使用自定義排序和篩選選項來增強(qiáng)RNA-Seq可視化功能。
??使用增強(qiáng)的外部數(shù)據(jù)瀏覽器輕松管理所有的DNA-Seq和RNA-Seq項目。
Sequencher?DNA序列分析軟件是科學(xué)家們*的工具。持續(xù)發(fā)展和改進(jìn)**過25年，Sequencher提供了**的功能特征，成千上萬的出版物都有相關(guān)的應(yīng)用介紹。新手用戶可以以較少的時間投資產(chǎn)生結(jié)果，而有經(jīng)驗的用戶會驚嘆于功能的深度和控制。Sequencher自帶各種專有算法，可以為Sanger,?Next-Gen?Sequencing?(NGS)和RNA-Seq序列數(shù)據(jù)生成結(jié)果。
在Sequencher中，您可以運行分析并以圖形的形式查看結(jié)果。通常，差異表達(dá)式要求您從命令行安裝和使用R統(tǒng)計編程語言。
我們給你一個菜單命令，允許你用火山圖、散點圖和條形圖顯示結(jié)果。每個點或條鏈接到它的隱藏數(shù)據(jù)，您可以點擊一個您感興趣的點或條，查看詳細(xì)的結(jié)果。Sequencher中的Cufflinks?suite包含Cuffquant和Cuffnorm。如果您沒有做差異表達(dá)基因的工作，但仍然需要歸一化的結(jié)果，那么在Cufflinks步驟后使用Cuffquant和Cuffnorm。如果需要減少計算機(jī)上的計算負(fù)載，您可以在Cufflinks和Cuffmerge步驟后使用Cuffquant來量化數(shù)據(jù)集中的讀數(shù)。之后，用Cuffdiff來完成差異化分析。您會發(fā)現(xiàn)這一步要快得多，因為這部分工作已經(jīng)完成了。


用基因名稱或geneID搜索數(shù)據(jù)表，快速定位感興趣的數(shù)據(jù)。排序并篩選數(shù)據(jù)，僅繪制您感興趣的內(nèi)容，然后以PNG格式導(dǎo)出圖表，以便放到演示文稿或報告中。

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