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    Chemcraft對于ADF用戶
    Chemcraft讀取ADF輸出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前,ADF輸出文件的可視化不如GAMESS或Gaussian文件的可視化那樣全面:提供了能量的提取、偶較矩的可視化和一些原子性質,但沒有分子軌道可視化等。
    構建分子
    Chencraft支持一組用于構造分子結構的工具,這些工具可用于準備計算或其他目的的初始猜測:
    ? 從標準分子片段(自由基等)中構建分子,提供了通過自定義剪貼板來補充該片段集并通過剪貼板復制/粘貼單個片段的可能性;
    ? 修改分子中的任何幾何參數(距離、角度、二面角)。該修飾可以伴隨著一個原子、兩個原子或選定的原子群的位移;
    ? 用鼠標在分子圖像上拖曳原子或碎片或旋轉碎片的可能性(圖5);
    ? 應用任意幾何參數集合的迭代算法(圖6);
    ? 一種易于使用的實用程序,用于將點群應用于分子(圖8)。
    chemcraft軟件培訓班
    Chemcraft包含一組便于**化計算的圖形工具。它提供了方便的實用程序,有助于準備新的工作來計算和分析計算結果。其主要功能是對**化學包生成的輸出文件的可視化。主要支持的軟件包是Gamess(美國版本和PCGamess)和Gaussian94-09。
    chemcraft軟件培訓班
    Chemcraft可以調節分子中的原子坐標以應用特定的對稱性(圖8)。這個工具在研究中非常有用,因為對稱分子比非對稱分子計算得更快。


    分子結構合并
    Chemcraft支持一組用于構造分子結構的工具,這些工具可用于準備計算或其他目的的初始猜測。


    在使用該實用程序之前,應該選擇幾個原子以較大程度地彼此靠近(圖9這些原子標記為白色)。除了這個特性,Chemcraft還可以計算兩個分子之間的均方根差值。


    分子繪制的可能性
    Chemcraft生成高質量的32位分子圖像。它被設計成一個用于創建發布就緒圖像的程序,不需要任何額外的修改。圖片可以很容易地在原子/鍵和附加對象,如標簽和線條。Chemcraft包含一個標準顯示方案的集合。每個方案代表一組定義分子外觀的參數:照明參數、單個原子和鍵的顏色和大小等。圖10說明了四種集合方案。Chemcraft允許用戶更改單個方案的參數,或者將自己的方案添加到集合中。Chemcraft的圖形引擎不需要任何圖形加速或額外的圖形庫。被很好的優化并提供,并提供高渲染速度,即使在過時的電腦。
    Chemcraft對于Gamess用戶
    Chemcraft給Gamess-US輸出文件提供了非常詳細的可視化。文件中的下列數據可以以圖形方式呈現:
    ? 原子坐標(對應于所有或對稱一的原子,如果在文件中呈現對應的表);
    ? 如果文件中給出了鍵階分析,文件中的結合物顯示在圖像上(否則通過距離算法計算結合物);
    ? 能量梯度可以以指針的形式顯示(圖2);
    Chemcraft從Gamess-US輸出文件中提取分子軌道系數和基組信息,以等密度面的形式呈現分子軌道或由密度值著色的表面(平面、球體)(參加圖3)。Chemcraft提供用軌道執行操作的一些可能性(例如將一個軌道乘以另一個軌道)。創建軌道的公式取自GAMESS-US分發的PLTROB程序的源代碼。用密度值計算立方體能被很好地優化。注意,如果文件中有多個分子軌道系數表,Chemcraft可以提取它們中的每一個并允許它們被渲染(例如,在MCSCF計算中,可以顯示規范或自然軌道)。除了軌道的可視化,Chemcraft還提供了一個簡單實用的工具,用于自動確定原子軌道形成每個分子軌道,這對分析軌道很有用。
    Chencraft支持一組用于構造分子結構的工具,這些工具可用于準備計算或其他目的的初始猜測:
    ? 從標準分子片段(自由基等)中構建分子,提供了通過自定義剪貼板來補充該片段集并通過剪貼板復制/粘貼單個片段的可能性;
    ? 修改分子中的任何幾何參數(距離、角度、二面角)。該修飾可以伴隨著一個原子、兩個原子或選定的原子群的位移;
    ? 用鼠標在分子圖像上拖曳原子或碎片或旋轉碎片的可能性(圖5);
    ? 應用任意幾何參數集合的迭代算法(圖6);
    ? 一種易于使用的實用程序,用于將點群應用于分子(圖8)。

    5. “拖曳”原子或沿鍵旋轉碎片的例子
    當“拖動”原子或執行其他結構修改時,任何幾何參數都可以控制在圖像上(見圖5)。Chemcraft的界面允許人們輕松地改變任何原子的類型或插入/移除一個鍵。Chemcraft提供了快速獲取Z矩陣的實用工具。Z矩陣是通過點擊分子中的原子并*一些附加信息來建立的(圖7)。在使用這個工具之前,首先應該在Cartesian坐標中獲得分子的結構。所有用于構建分子的上述工具都可用于此目的。
    在使用該實用程序之前,應該選擇幾個原子以較大程度地彼此靠近(圖9這些原子標記為白色)。除了這個特性,Chemcraft還可以計算兩個分子之間的均方根差值。
    Chemcraft對于ADF用戶
    Chemcraft讀取ADF輸出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前,ADF輸出文件的可視化不如GAMESS或Gaussian文件的可視化那樣全面:提供了能量的提取、偶較矩的可視化和一些原子性質,但沒有分子軌道可視化等。


    與其他格式一起工作
    除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件,Chemcraft可以讀取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem輸出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件(這些格式未被全面支持)和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式(.31-.40文件)、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶體學CIF文件和簡單的文本文件與原子的Cartesian坐標。Chemcraft提供了一個通過剪貼板導入/導出文本格式的原子坐標的接口,這有助于使用任何類型的計算數據。將原子坐標導出到剪貼板中對于快速創建輸入文件也是有用的。Chemcraft包含一個分數坐標轉換的功能,用于晶體學測量和Cartesian,反之亦然,用于單元參數(a,b,c等)。


    構建分子
    Chencraft支持一組用于構造分子結構的工具,這些工具可用于準備計算或其他目的的初始猜測:
    ? 從標準分子片段(自由基等)中構建分子,提供了通過自定義剪貼板來補充該片段集并通過剪貼板復制/粘貼單個片段的可能性;
    ? 修改分子中的任何幾何參數(距離、角度、二面角)。該修飾可以伴隨著一個原子、兩個原子或選定的原子群的位移;
    ? 用鼠標在分子圖像上拖曳原子或碎片或旋轉碎片的可能性(圖5);
    ? 應用任意幾何參數集合的迭代算法(圖6);
    ? 一種易于使用的實用程序,用于將點群應用于分子(圖8)。
    Chemcraft提供了輸出文件以結構化的形式呈現。被讀取的文件被分成單獨的元素,例如單獨的幾何形狀或振動模式。對于每個元素,從文件中提取所有可用數據:原子坐標、能量梯度等。所有元素都呈現在分層列表中(圖1)。單擊列表中的元素自動顯示圖像上的單獨幾何或模式,并允許顯示不同的屬性。該接口提供了計算數據的可靠可視化,包括非標準類型的計算、不完整的計算等。它還允許具有多個計算任務的復雜文件被可視化。對于能量掃描或IRC計算,通過掃描/IRC步驟將所有幾何結構分成組。除了圖形的數據表示之外,Chemcraft概述了輸出文件的較基本部分,并為文件的每個元素顯示了一個簡短的“摘要”。


    Chemcraft從Gamess-US輸出文件中提取分子軌道系數和基組信息,以等密度面的形式呈現分子軌道或由密度值著色的表面(平面、球體)(參加圖3)。Chemcraft提供用軌道執行操作的一些可能性(例如將一個軌道乘以另一個軌道)。創建軌道的公式取自GAMESS-US分發的PLTROB程序的源代碼。用密度值計算立方體能被很好地優化。注意,如果文件中有多個分子軌道系數表,Chemcraft可以提取它們中的每一個并允許它們被渲染(例如,在MCSCF計算中,可以顯示規范或自然軌道)。除了軌道的可視化,Chemcraft還提供了一個簡單實用的工具,用于自動確定原子軌道形成每個分子軌道,這對分析軌道很有用。
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