AlleleID 物種識別和分類鑒別的綜合軟件

設計Luminex xMAP試驗
基于Luminex’s xMAP技術，AlleleID可以設計應用于懸浮陣列系統的應變-微分多重分析設計。如果您研究的是密切相關的生物體，這個功能可以幫助您在一個反應體系中進行等位基因特異性引物延伸（ASPE）和DHA檢測。

多路連接依賴探針擴增（MLPA）檢測拷貝數和突變檢測
AlleleID是一設計MLPA合成探針或者由MRC Holland引入的多重連接依賴探針擴增技術的程序，當合適的工具包不可用時，研究人員能夠擴展這項技術。這是一種快速增長的高通量基因圖譜分析方法。可以檢測外顯子缺失、拷貝數變化和CpG甲基化模式。具有成本效益合適、敏感性高、特異性好和可再生性好等特點。
AlleleID為PamGene檢測設計了mRNA特異性,DNA特異性和突變特異性MLPA探針。這將使PamChip用戶在使用PamGene高精度檢測平臺時設計自己感興趣的基因探針檢測。結合這兩種技術，拷貝數的變化和突變可以很容易地在6小時內檢測到。


TaqMan? Probe Design

SYBR? Green Primer Design

Molecular Beacon Design

FRET Probe Design

Microarray Probe Design

NEAT Assay Design

Database Support

Input & Output Formats
AlleleID是一款旨在解決細菌鑒定、病原體檢測或物種鑒定的綜合性桌面工具。以CulsSTW多序列比對為核心，AlleleID可以設計用于物種識別/交叉物種鑒定的基因芯片探針以及用于實時PCR的SYBR Green, TaqMan MGB, TaqMan探針, Molecular Beacons以及實時PCR引物。AlleleID還提供了支持可變剪切片段檢測的微陣列實驗設計。
檢測成功的復雜算法
高度特異性寡核苷酸通過回避自動注釋BLAST搜索結果找到的顯著同源性區域而設計。實時定量PCR引物和探針阻止模板形成二級結構提升效率。"Minimal Set"，該程序較具創新性的特點之一，有助于設計較少數量的等位基因特異性寡核苷酸引物和雙標記探針，其*特地識別來自混合物的所需物種/菌株/類群中的每一個，降低化驗成本。對于類群或跨種分析，當類群或類群高度不同時，該特征尤其有用。對于一組預先設計的、經過驗證的引物集合，AlleleID可以設計兼容的引物和探針的其余序列的物種鑒定或類群特異性檢測。


廣泛支持實時或定量PCR檢測和SNP/表達微陣列
AlleleID可以設計較優的SYBR Green引物、TaqMan探針、TaqMan Minor Groove Bingding
(MGB)探針、FRET探針或者分子信標，用于實時定量PCR差異基因表達SNP基因型分類試驗。您也可以設計實時PCR引物和雙標記探針多達一萬個序列在一個單一的運行SNP檢測或表達微陣列。

設計Luminex xMAP試驗
基于Luminex’s xMAP技術，AlleleID可以設計應用于懸浮陣列系統的應變-微分多重分析設計。如果您研究的是密切相關的生物體，這個功能可以幫助您在一個反應體系中進行等位基因特異性引物延伸（ASPE）和DHA檢測。


多路連接依賴探針擴增（MLPA）檢測拷貝數和突變檢測
AlleleID是一設計MLPA合成探針或者由MRC Holland引入的多重連接依賴探針擴增技術的程序，當合適的工具包不可用時，研究人員能夠擴展這項技術。這是一種快速增長的高通量基因圖譜分析方法。可以檢測外顯子缺失、拷貝數變化和CpG甲基化模式。具有成本效益合適、敏感性高、特異性好和可再生性好等特點。
AlleleID為PamGene檢測設計了mRNA特異性,DNA特異性和突變特異性MLPA探針。這將使PamChip用戶在使用PamGene高精度檢測平臺時設計自己感興趣的基因探針檢測。結合這兩種技術，拷貝數的變化和突變可以很容易地在6小時內檢測到。


功能特征
? 物種鑒定試驗
? 基因芯片的基因拼接/選擇性剪接
? 外顯子連接引物設計
? 實時PCR引物設計
? TaqMan探針設計
? SyBR綠色底漆設計
? 分子信標設計
? FRET探針設計
? 微陣列探針設計
? 精密化驗設計
? 數據庫支持
? 輸入輸出格式

物種鑒定分析/跨物種實驗/等位基因鑒定分析
AlleleID使用ClustalW對序列進行排列，并分析保存和物種特定區域。您可以使用程序進行實時PCR引物設計（包含SYBR Green引物設計）和雙標簽探針設計（TaqMan probes,
TaqMan MGB and molecular beacons）。這些檢測方法只用于進行菌株檢測或從混合菌株中找到感興趣的物種。為了進行交叉物種試驗，AlleleID通過識別保守區域來設計通用探針。對于相關的生物體，當研究物種的基因組草圖不可用時，可以使用AlleleID來研究其基因表達。這些強大的功能可以幫助解決了很多具有挑戰性的難題，例如的檢測、鑒定、定量以及污染物、環境等的監測。


檢測成功的復雜算法
高度特異性寡核苷酸通過回避自動注釋BLAST搜索結果找到的顯著同源性區域而設計。實時定量PCR引物和探針阻止模板形成二級結構提升效率。"Minimal Set"，該程序較具創新性的特點之一，有助于設計較少數量的等位基因特異性寡核苷酸引物和雙標記探針，其*特地識別來自混合物的所需物種/菌株/類群中的每一個，降低化驗成本。對于類群或跨種分析，當類群或類群高度不同時，該特征尤其有用。對于一組預先設計的、經過驗證的引物集合，AlleleID可以設計兼容的引物和探針的其余序列的物種鑒定或類群特異性檢測。


廣泛支持實時或定量PCR檢測和SNP/表達微陣列
AlleleID可以設計較優的SYBR Green引物、TaqMan探針、TaqMan Minor Groove Bingding
(MGB)探針、FRET探針或者分子信標，用于實時定量PCR差異基因表達SNP基因型分類試驗。您也可以設計實時PCR引物和雙標記探針多達一萬個序列在一個單一的運行SNP檢測或表達微陣列。

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