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The underlines are controlled from the pop-up menu in the sequence window and the relevant daughter windows. For more information see the manual and the on-line help.

GPMAW程序主要是作為蛋白質和多肽質譜分析的工具。然而，許多其他生物信息學工具也已經包含在內，因此該程序的使用遠遠**出了簡單的質量分析。
該程序可以運行在Windows 2000(即2000,XP, Vista, Win7)以后的所有32位版本的Windows上。它也可以運行在當前的64位版本上，但是還沒有在這個平臺上進行完整的測試。它也可以在Mac系統的Windows虛擬機上運行，但不能**完全兼容。
除了ms/ms搜索，該程序不需要強大的處理器或快速硬盤，可以在任何系統上運行。運行ms/ms搜索您需要一個SVGA+分辨率的屏幕，或者您可以在上網本上運行它。
程序內容
GPMAW的文檔在幫助欄中提供，手冊可以在下載。
序列處理:通過在Entrez和本地數據庫(FastA格式和Swiss-Prot)中直接搜索數據庫，從許多不同格式的序列中導入序列。序列可以保存在本地(數據庫)中，以備將來參考。從序列窗口可以執行大量操作。序列可以以FastA格式導出(單個序列或同時導出所有序列)，以便于傳輸到其他程序。
質量分析:蛋白質可以通過自動方法(如定義酶作用的靈活命名法)或手動方法進行裂解。多肽顯示與許多參數(各種質量值- mono, ave，電荷- Bull&Breese指數，HPLC指數，pI，電荷)，并可以進一步工作(如交聯，新的分裂)。
生物信息學:可顯示多種圖形、疏水性、點圖、二級結構預測。可以在本地數據庫上執行BLAST搜索。使用ClustalW的多重對齊。CustalW可執行文件現在是GPMAw包的一部分，但是在以前的版本中，您必須自己安裝。
序列窗口
序列窗口是GPMAW的核心窗口并默認顯示一個序列。從這里，您可以調用大多數與序列相關的函數（通過菜單、工具欄或彈出菜單）。
顯示1個或3個字母
平均質量/單同位素質量
固定殘留物寬度
帶有序列信息的提要欄
顯示二硫化物橋、改性殘留物等
通過**顯示部分序列，您可以輕松獲得給定肽的質量。為了便于導航，您可以使用特定顏色的殘留物（提供三種不同顏色和下劃線）。大多數設置可以很容易地在系統設置框中預先設置。
序列窗口形成父窗口，從中可以創建大量派生子窗口：
肽窗口
MS/MS窗口
批量搜索、合成搜索
圖表：疏水性、二級結構、電荷與酸堿度、點圖、α螺旋輪
肽窗口
肽窗口通常通過自動摘要命令從序列窗口中調用。但是，也有其他方法，如手動或半自動分裂。
肽窗口列出了從給定蛋白質產生的所有肽以及大量（>20）物理化學參數。
充電-單次/多次/負/正
肽數
位置
液相色譜指數
理論PI
布爾和布雷斯指數
序列-1/3字母等
肽可以通過部分解理生成（圖中藍色上標表示），改性界點、改性殘渣，即使是部分修改也得到有限的支持。為便于在序列窗口中引用著色的特定殘留物而被帶到這個窗口。用戶可以配置顯示的實際參數。通過單擊標題，可以對任何列進行排序。*二次單擊將反轉排序。通過工具欄和/或彈出菜單（鼠標右鍵單擊），您可以訪問與消化（如模擬的HPLC反相色譜圖）或當前所選肽（MS/MS裂解、肽信息、電荷與ph圖）相關的其他功能。
自GPMAW 6.20開始，用戶可以修改定義的pka值，并且從6.21開始也可以在常規質量表中定義。
GPMAW如何使用這些pka值？對于修改，這是相當簡單的，每當它被定義在一個序列中時，pka值被納入pi和電荷的計算中（也就是說，當殘留物通過相關的修改進行修改時）。但是，對于mass文件，您必須特別告訴GPMAW使用用戶定義的表，因為GPMAW可以使用四個不同的表。要在這些表之間切換，請輸入系統設置，在對話框的頁上，您將找到以下選擇：

除了ms/ms搜索，該程序不需要強大的處理器或快速硬盤，可以在任何系統上運行。運行ms/ms搜索您需要一個SVGA+分辨率的屏幕，或者您可以在上網本上運行它。

程序內容
GPMAW的文檔在幫助欄中提供，手冊可以在下載。



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