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CyBio調度器-用于高通量篩選調度軟件
高通量篩選是一種廣泛應用于藥物研究特別是在藥物發(fā)現(xiàn)領域的科學實驗方法。因為大量有前景的新藥難以用人工分析，篩選過程是使用機器人自動化的。自動篩選系統(tǒng)用來處理含有化合物的微孔板。這些自動篩選系統(tǒng)可以在給定的一組微板上執(zhí)行一系列任務和實驗（稱為檢測方案）并生成實驗數(shù)據(jù)。
CyBio在2009年并入到Analytik Jena AG中，馬克斯普朗克研究所馬格德堡開發(fā)了利用GAMS的優(yōu)化方法來增加機器人篩選系統(tǒng)的產(chǎn)量。GAMS驅動檢測方法的優(yōu)化較大地提高了高通量篩選系統(tǒng)的生產(chǎn)速度并改進了實驗數(shù)據(jù)的質量。
問題
GAMS的分析優(yōu)化是CyBio調度器的一個**的部分，在這之前，只有能夠修改時間以提高吞吐量。這種方法只適用于相對較小的試驗而且是一項需要數(shù)小時來專注工作的任務。隨著檢測協(xié)議的日益復雜，這項任務現(xiàn)在已經(jīng)遠遠**出了人類所能處理的范圍。
另一個常見問題是一個代數(shù)模型描述篩選系統(tǒng)以減少空閑時間為重點之前，篩選系統(tǒng)利用關鍵資源方面效率底下。由于沉積、衰變或溫度漂移，化合物的閑置時間也會導致實驗數(shù)據(jù)的系統(tǒng)誤差。
設置
CyBio Scheduler的中心部分是用GAMS編寫的代數(shù)模型.它描述了一種讓所有部件空閑時間小化的篩查系統(tǒng)從而**關鍵資源的有效利用。可以使用多個資源來完成不同的任務，因此，篩選系統(tǒng)可以同時使用其他閑置設備來處理大量的微板。短而直接的微板促進資源利用，從而提高了生產(chǎn)效率。該模型在協(xié)調資源訪問時避免了沖突，并確保所得到的調度是未鎖定的。
許多制約是系統(tǒng)固有的，比如有限的臨時存儲或不能同時使用的資源和必須進行訪問的資源。某些制約因素是特定于分析的。通常，用戶定義了潛伏期的目標時間，包括上下邊界，或者特定事件之間的大時間間隔。因此，例如，復合添加和測量之間的時間可能是有限的。分析定義和這些制約創(chuàng)建了一個分離不等式系統(tǒng)。
由于嚴格的時間要求，微板在每個周期都遵循相同的進程。快速而均勻的微板處理與CyBio調度器減少了沉積、衰減或溫度漂移所帶來的系統(tǒng)誤差，這是很難量化的。因此，增加的吞吐量不僅減少了每個實驗的投資，而且還改善了數(shù)據(jù)質量。
用戶友好性
用戶可以從系統(tǒng)布局決策中解脫出來，并可以專注于實驗。隨著GAMS模型在后臺運行，CyBio Scheduler著重于提供一個簡單且方便的用戶體驗。它隱藏了將分析協(xié)議映射到當前系統(tǒng)設計的復雜性并且為目標找到全局優(yōu)解，以小化循環(huán)時間。
用戶可以從系統(tǒng)布局決策中解脫出來，并且可以專注于這個實驗。CyBio Scheduler可以在它們需要的地方自動插入微板傳輸，解決資源分配沖突的問題，允許潛伏并且可以輕松的。根據(jù)立任務的數(shù)量、涉及的組件和約束，所生成的模型可能相當復雜。優(yōu)解通常計算得足夠快，才可以讓用戶驗證是否可以放松某些約束，以便得出更好的結果。

Equation Declaration
Equations must be declared and defined in separate statements. The format of the declaration is the same as for other GAMS
entities. First comes the keyword, Equations in this case, followed by the name, domain and text of one or more groups of
equations or inequalities being declared. Our transportation model contains the following equation declaration:
Equations
cost define objective function
supply(i) observe supply limit at plant i
demand(j) satisfy demand at market j ;
Keep in mind that the word Equation has a broad meaning in GAMS. It encompasses both equality and inequality
relationships, and a GAMS equation with a single name can refer to one or several of these relationships. For example, cost
has no domain so it is a single equation, but supply refers to a set of inequalities defined over the domain i.

The effect of this statement is to declare the parameter d and to specify its domain as the set of ordered pairs in the Cartesian
product of i and j. The values of d are also given in this statement under the appropriate heading. If there are blank entries
in the table, they are interpreted as zeroes.
As in the list format, GAMS will perform domain checking to make sure that the row and column names of the table are
members of the appropriate sets. Formats for entering tables with more columns than you can fit on one line and for entering
tables with more than two dimensions are given in Chapter Data Entry: Parameters, Scalars and Tables.
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