稅務代理的一般程序按其性質大體可分為三個階段：即準備階段、實施階段、代理完成階段。
準備階段是納稅人、扣繳義務人向稅務代理機構提出稅務代理時，稅務代理機構要對要求代理方的有關情況進行調查，在此基礎上確定是否接受該項代理業務。雙方在充分協商取得一致意見后，簽定委托代理協議書，約定代理內容、代理權限和代理期限。稅務代理機構在受理某項代理業務后，應確定稅務代理風險，編制稅務代理計劃、安排實施代理工作。
實施階段是稅務代理全過程的中心環節，其工作是按照代理計劃，根據委托代理協議書約定的代理事項、權限、期限開展工作。
代理完成階段是實質性的代理業務結束，此階段的工作主要是整理代理業務工作底稿，編制有關表格，并將有關資料存檔備查。

依法代理是稅務代理的一項重要原則，法律、法規是開展稅務代理的前提條件。首先，從事稅務代理的稅務代理人和稅務代理機構必須是合法的。稅務代理人必須是經全國統一考試合格，并在注冊稅務師管理機構注冊登記的具有稅務代理執業的注冊稅務師;稅務代理機構必須是依照國家法律設立的稅務師事務所。而且稅務代理合同必須是稅務師事務所統一簽訂，不允許注冊稅務師單與委托人簽訂合同。其次，稅務代理人在辦理稅務代理業務的過程中嚴格按照稅收法律、法規的有關規定，全面履行職責，不能追趕代理權限和代理范圍，對稅務職權范圍內的事務和法律、法規規定只能由納稅人、扣繳義務人自行辦理的，不能進行代理，對納稅人、扣繳義務人的違法事項不得代理，并報告稅務。注冊稅務師制作涉稅文書，須符合國家稅收實體法的稅收原則，依照稅法規定正確計算被代理人應納或應扣繳的稅款。同時注冊稅務師執業行為必須按照有關稅款征收管理和稅務代理的程序性法律、法規的要求進行，在代理過程中，充分體現納稅人和扣繳義務人的合法意愿，在被代理人授權范圍內開展業務。

稅務代理屬于委托代理，必須依照《民法通則》的有關代理活動的基本原則，堅持自愿委托。代理關系的建立要符合代理雙方的共同意愿。稅務代理關系的產生必須以委托方和受托方自愿為前提，稅務代理不是納稅的法定必經程序。稅務代理當事人雙方之間是一種基于平等的雙向選擇而形成的合同關系，而不是行政隸屬關系。納稅人和扣繳義務人有委托或不委托的選擇權，同時也有委托誰的選擇權。如果納稅人和扣繳義務人沒有自愿委托他人代理稅務事宜，任何單位和個人都不能強令代理，尤其是稅務不得強制納稅人實施稅務代理，也不能以稅務的名義為納稅人稅務代理機構。代理人作為受托方，也有選擇是否接受委托和接受誰的委托的，對于不愿意接受的委托，有權予以拒絕。
同時，稅務代理作為一種社會中介服務，是稅務代理人利用自己的知識為納稅人提供的服務，稅務代理機構也要實行自主經營、立核算，也要依法納稅。因而，稅務代理在執行代理業務的時候，可以收取相應的報酬。報酬的收取，應當依照國家有關規定，遵循公開、公正、公平、誠實信用、自愿有償、委托人付費的原則。同時，由于稅務代理存在業務競爭的關系，故不允許稅務代理人提供無償代理，以防止稅務代理的不正當競爭。

稅務代理作為民事代理中的一種委托代理，主要特點表現如如下幾個方面：
1．公正性。稅務代理機構不是稅務行政，而是征納雙方的中介結構，因而只能站在公正的立場上，客觀地評價代理人的經濟行為；同時代理人必須在法律范圍內為被代理人辦理稅收事宜，立、公正地執行業務。既維護國家利益，又保護委托人的合法權益。
2．自愿性。稅務代理的選擇一般由單向選擇和雙向選擇，無論哪種選擇都是建立在雙方自愿的基礎上的。也就是說，稅務代理人實施稅務代理行為，應當以納稅人、扣繳義務人自愿委托和自愿選擇為前提。
3．有償性。稅務代理機構是社會中介機構，他不是國家行政的附屬機構，因此，同其他企事業單位一樣要自負盈虧，有幸有償服務，通過代理取得收入并抵補費用，獲得利潤。
4．立性。稅務代理機構與國家行政、納稅人或扣繳義務人等沒有行政隸屬關系，既不受稅務行政部門的干預，又不受納稅人、扣繳義務人所左右，立申請稅務事宜。
5．確定性。稅務代理人的稅務代理范圍，是以法律、行政法規和行政規章的形式確定的。因此，稅務代理人不得追趕規定的內容從事代理活動。稅務按照法律、行政法規規定委托其代理外，代理人不得代理應由稅務行使的行力。