關鍵詞:半定量RT-PCR服務|實驗技術服務

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半定量RT-PCR服務|實驗技術服務——pCzn1質粒+Arctic Express宿主菌低溫表達體系。

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測序實驗流程：

半定量RT-PCR一般是在沒有條件做 實時PCR 的情況下使用，用于測定體內目的基因的表達增加減少與否，即通過目的基因跑出來的電泳帶與管家基因(如β-actin)的電泳帶的相對含量比較，觀測目的基因表達增減，另外還要做一個β-actin的內參照對照。

1 樣品RNA的抽提

①取凍存已裂解的細胞，室溫放置5分鐘使其完全溶解。

②兩相分離 每1ml的TRIZOL試劑裂解的樣品中加入0.2ml的，蓋緊管蓋。手動劇烈振蕩管體15秒后，15到30℃孵育2到3分鐘。4℃下12000rpm離心15分鐘。離心后混合液體將分為下層的紅色相，中間層以及無色水相上層。RNA全部被分配于水相中。水相上層的體積大約是勻漿時加入的TRIZOL試劑的60%。

③RNA沉淀 將水相上層轉移到一干凈無RNA酶的離心管中。加等體積混合以沉淀其中的RNA，混勻后15到30℃孵育10分鐘后，于4℃下12000rpm 離心10分鐘。此時離心前不可見的RNA沉淀將在管底部和側壁上形成膠狀沉淀塊。

④RNA清洗 移去上清液，每1mlTRIZOL試劑裂解的樣品中加入至少1ml的75%（75%用DEPCH2O配制），清洗RNA沉淀。混勻后，4℃下7000rpm離心5分鐘。

⑤RNA干燥 小心吸去大部分溶液，使RNA沉淀在室溫空氣中干燥5-10分鐘。

⑥溶解RNA沉淀 溶解RNA時，先加入無RNA酶的水40μl用槍反復吹打幾次，使其完全溶解，獲得的RNA溶液保存于-80℃待用。

2 RNA質量檢測

1）紫外吸收法測定

先用稀釋用的TE溶液將分光光度計調零。然后取少量RNA溶液用TE稀釋（1:100）后，讀取其在分光光度計260nm和280nm處的吸收值，測定RNA溶液 濃度和純度。

① 濃度測定

A260下讀值為1表示40 μg RNA/ml。樣品RNA濃度(μg/ml)計算公式為：A260 ×稀釋倍數× 40 μg/ml。具體計算如下：

RNA溶于40 μl DEPC水中，取5ul，1:100稀釋至495μl的TE中，測得A260 = 0.21

RNA 濃度= 0.21 ×100 ×40 μg/ml = 840 μg/ml 或 0.84 μg/μl

取5ul用來測量以后，剩余樣品RNA為35 μl，剩余RNA總量為：

35 μl × 0.84 μg/μl = 29.4 μg

②純度檢測

RNA溶液的A260/A280的比值即為RNA純度，比值范圍1.8到2.1。

2）變性瓊脂糖凝膠電泳測定

①制膠

1g瓊脂糖溶于72ml水中，冷卻至60℃，10 ml的10× MOPS電泳緩沖液和18 ml的37% (12.3 M)。

10×MOPS電泳緩沖液

濃度 ?成分

0.4M ?MOPS，pH 7.0

0.1M ?

0.01M ?EDTA

灌制凝膠板，預留加樣孔至少可以加入25 μl溶液。膠凝后取下梳子，將凝膠板放入電泳槽內，加足量的1×MOPS電泳緩沖液至覆蓋膠面幾個毫米。

②準備RNA樣品

取3μgRNA，加3倍體積的甲醛上樣染液，加EB于甲醛上樣染液中至終濃度為10μg/ml。加熱至70℃孵育15分鐘使樣品變性。

③電泳

上樣前凝膠須預電泳5min，隨后將樣品加入上樣孔。5–6V/cm電壓下2h，電泳至溴蘭指示劑進膠至少2–3cm。

3,待測樣品的待測基因實時定量PCR

①所有cDNA樣品分別配置實時定量 PCR反應體系。

體系配置如下：

序號 ?反應物 ?劑量

1 ?SYBR Green 1 染料 ? 10 ul

2 ?上游引物 ?1ul

3 ?下游引物 ?1ul

4 ?dNTP ? 1ul

5 ?Taq聚合酶 ?2ul

6 ?待測樣品cDNA ?5ul

7 ?ddH2O ? 30ul

8 ?總體積 ?50 ul

輕彈管底將溶液混合，6000rpm短暫離心。

②將配制好的PCR反應溶液置于Realtime PCR儀上進行PCR擴增反應。反應條件為：93℃2分鐘預變性，然后按93℃ 1分鐘，55℃1分鐘，72℃1分鐘，共40做個循環，最后72℃7分鐘延伸。

4, 實時定量PCR使用引物列表

引物設計軟件：Primer Premier 5.0，并遵循以下原則：引物與模板的序列緊密互補；引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或發夾結構；引物不在模板的非目的位點引發DNA 聚合反應(即錯配)。

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