過濾系統作用主要是三個：
1、物理過濾，濾材為過濾棉(粗/細)。
利用濾棉中的纖維把水中的不溶性雜質、廢物阻隔下來。
物理過濾是過濾系統中必不可少的一個部分。濾棉常洗常換，能有效減少缸中有機物的含量，進而減少硝化系統的負擔，再進而減少最終礦物質廢物的產出。
忽視物理過濾的過濾配置方案，不客氣的說，是把魚缸當成化糞池了。
2、化學過濾，濾材為吸氨石、軟水樹脂、草泥丸、活性碳。
利用吸氨石、軟水樹脂、草泥丸等，通過化學的方法，去除可溶于水的有害物質，或調節PH值(酸堿度)； 另外，活性碳運用在過濾中，雖然它起到物理的吸附作用，但針對的仍是溶于水的物質，所以在這里，認為放在化學過濾這個部分更容易理解。
3、生物過濾，濾材為玻璃環、生化球、生化棉等。
運用玻璃環、生化球等濾材，提供硝化細菌良好的生長空間，利用硝化細菌的生物作用，把魚類、水草新陳代謝產生的有毒廢物轉化為無毒物質。這是保持水族箱水質穩定的最重要環節。
4、其他作用：比如過濾的水流還能起到沖刷清潔水草葉面、促進魚只游動鍛煉、防止水體溫度分層等，這些是屬于附帶的正面效應了。