復合肥配比原料不同，應注意養分成分的使用范圍。不同**、不同濃度復合肥所使用原料不同，生產上要根據土壤類型和作物種類選擇使用。含硝酸根的復合肥，不要在葉菜類和水田里使用含銨離子的復合肥，不宜在鹽堿地上施用；含氯化鉀或氯離子的復合肥不要在忌氯作物或鹽堿地上使用；含硫酸鉀的復合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。否則，將降低肥效，甚至毒害作物。
復合肥中含有兩種或兩種以上大量元素，氨表施易揮發損失或雨水流失，磷、鉀易被土壤固定，特別是磷在土壤中移動性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情況肥料無法溶解，肥效更差。所以復合肥的施用應盡可能避免地表撒施，應深施覆土。

 要與多種肥料配合使用，雖然現在大多數復合肥都**是多元的，但仍然不能*取代有機肥，有條件的地方應盡量增加腐熟有機肥的施用量。復合肥與有機肥配合施用，可提高肥效和養分的利用率。有機肥的施用，不僅改良
復合肥圖冊土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是節省能源，減輕環境的污染。使用一些生物有機肥，不但可免去傳統制作有機肥的繁瑣過程，而且可為土壤提供大量的有益微生物活化土壤養分，減少連作障礙。 某些專用復合肥雖然根據作物的需肥特點、土壤的供肥特性確定了適宜的養分配比，但也很難*符合不同肥力水平土壤上作物實際生長的要求，因此有必要根據作物的實際生長情況、再配合使用一些單質肥。如在缺氮土壤上對需氮較多的葉菜類需使用一些氮肥，在缺鉀土壤上對需鉀較多的西瓜后期要使用一些鉀肥。

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