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要建設適合自己的無菌室，首先需要確定一般實驗內容，及實驗室過程中可能出現的結果。
不同的實驗有不同的實驗要求。
根據空氣潔凈度的不同，無菌室可分為百級，千級，萬級，十萬級，百萬級等等。
凈化等級一般分為100級、1000級、10000級、100000級，現在2010年版的GMP 凈化車間已經不用這個叫法了，分為ABCD級別，分別相對應于98版的幾個級別，通過檢測區域內的塵埃粒子數、浮游菌數、沉降均數評價凈化級別，各個級別有不同的要求，凈化等級分靜態、動態兩種。100級無菌室可用于醫藥工業的無菌制造工藝等，這一潔凈室大量應用于，植如體內物品的制造，外科手術，包括移植手術，那些對xi菌感染特別敏感的病人的隔離治，比如像骨髓移植病人術后的隔離治。

根據需要的工作人員及儀器設備，來確定無菌室的面積。
一般無菌室面積在5-7平方，高度不超過2.4m，四周圍護結構，墻面和地面應光滑，墻壁與地面、天花板連接處應呈凹弧形無縫隙，無死角，易于清潔和消毒。
無菌室入口處應設置緩沖間，緩沖間內應安裝非手動式開關的洗手盆，并可有毛巾。緩沖間應有足夠的面積以保證操作人員更換工作服及鞋帽。
無菌室內工作臺的高度約2000px，工作臺應保持水平，工作臺面應無滲漏耐腐蝕易于清潔、消毒。
無菌室內光照應分布均勻，工作臺面的光照度應不低于540lx。
無菌室應具備適當的通風和溫度調節的條件。無菌室的推薦溫度為20，相對濕度為40-60%。
緩沖間及操作室內均應設置能達到空氣消毒效果的紫外燈或其他適宜的消毒裝置。
一般無菌室中，需要用到純水或蒸餾水，以滿足相關實驗的要求。無菌間內不應安裝下水道。

無菌操作室應具有空氣除菌過濾的單向流空氣裝置，操作區潔凈度100級或放置同等級別的超凈工作臺，室內溫度控制18~26℃，相對濕度45%~65%。緩沖間及操作室內均應設置能達到空氣消毒效果的紫外燈或其他適宜的消毒裝置，空氣潔凈級別不同的相鄰房間之間的靜壓差應大于5Pa，潔凈室（區）與室外大氣的靜壓差大于10Pa。無菌室內的照明燈應嵌裝在天花板內，室內光照應分布均勻，光照度不低于300lx。緩沖間和操作間所設置的紫外線殺菌燈（2~2.5W/平方米），應定期檢查輻射強度，要求在操作面上達40/μW/平方厘米，不符合要求的紫外殺菌燈應及時更換。
無菌室跟生物實驗室有一定的區別，生物實驗室更注重于生物的研究和觀察，所以有的實驗室對實驗室潔凈度是沒有要求的。

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