糞便的分解是半好氧發酵的效果較好，利用粗細搭配的墊料縫隙，通過自然對流、豬的翻拱、人工輔助性翻拌來補充和進入氧氣，糞便中的碳水化合物和氮素在好氧發酵過程中幾乎都被人工微生物以氧化磷酸化的形式充分發酵利用，釋放能量（熱量），碳骨架較終以二氧化碳的形式排放出去，釋放到大氣中，較終消失于無形中。
雖然厭氧發酵和充分的好氧發酵都可以分解糞便，但以半好氧發酵對養豬較好，原因如下：
    半好氧發酵分解速度較穩定、產熱量不大（甚至可形成小環境中的空氣對流，造成涼爽的感覺，有利于夏季防止熱應激）、菌種保持活力較高、抑制有害微生物的效果較好，菌劑可持續能力強、有利于有益菌保持**優勢、有利于提供優質的菌體蛋白供豬啃吃，這就好比種蘑菇：溫度高，發菌和長得快的蘑菇質量并不好，肉不厚實，味道也不好；而溫度太低，長得太慢了，則肉質太緊密，質量也不好，吃起來不好嚼；較好的蘑菇是溫度不高不低，肉質既不太厚，也不太薄，口味也較好。
而那種完全開放，頻繁翻料的好氧發酵，則存在以下缺點：產熱量大（夏天對豬不好）、有害細菌不好控制（有害菌喜歡好氧環境）、分解過快、勞動強度也過大、即使是益生細菌也會因為氧氣太充足，生長太快而細胞壁太薄，生命力不強等缺點。
而完全厭氧發酵，則分解糞便實在太慢。
具體到操作上就是：不能翻料過于頻繁、要根據自己墊料的性質，在實踐中掌握一個度，制定隔幾天淺翻一次，隔數月深翻一次的程序。
    在分解糞尿的微生物發酵原理中，雖然厭氧發酵和好氧發酵都可以分解糞尿，但以好氧發酵的分解效率較高，是厭氧發酵效率的10多倍，所以，墊料管理中必須清楚這一點，所以，保持一個相對比較疏松的墊料（能讓外界的空氣通過對流進入墊料內部，管理上的操作方法為不定期翻料，或在墊料上若干戳孔）、保持墊料不板結以利于物質交換（判斷板結的標準：不論在哪里，取一些墊料塊于手中，用手輕搓一下，能散開來，就是不板結）
     所以，必須記住這兩點：
     ① 盡量保持墊料疏松；
     ② 盡量不讓墊料板結；
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