食用菌含有豐富的蛋白質和氨基酸，其含量是一般蔬菜和水果的幾倍到幾十倍。如鮮蘑菇含蛋白質為1.5-3.5%，是大白菜的3倍，蘿卜的6倍，蘋果的17倍。1公斤干蘑菇所含蛋白質相當于 2公斤瘦肉，3公斤雞蛋或12公斤牛奶的蛋白量。食用菌中賴氨酸含很豐富， 含有組成蛋白質的18種氨基酸，和人體所必需的8種微量元素。谷物食品中含量少的賴氨酸，食用菌中含量也相當豐富。食用菌脂肪含量很低，約占干品重量的0.2%-3.6%，而其中74-83%是人體健康有益的不飽和脂肪酸。